档案利用频繁，容易造成损坏，档案数字化处理后，原件就可以封存起来，对档案是一种很好的保护。同时，数字档案可以异地备份，可以网上浏览，只要轻轻点击鼠标，就可以看到查阅的档案内容，既方便又快捷。正因为如此，档案数字化越来越得到大家的认同，数字化工作规模由小到大，正在全国各地蓬勃开展。然而，一些单位在档案数字化过程中出现了下列几点不容忽视的问题，值得档案部门高度重视。
        首先，档案数字化工作中出现的第一个问题就是对档案的直接机械损坏。这种情形主要见于一些老档案的扫描过程。由于老档案大多数是装订成卷的，扫描前需要拆卷，有的工作人员贪图方便，拆卷时用刀子将装订线一侧的纸边给切掉了。这样，档案的原始面貌就被破坏了，更有甚者，一些被切下的纸边上还有档案字迹--档案信息也被切掉了。
        其次，降低了对档案的整理标准。少数档案员错误地认为，档案经过数字化加工后，利用时只需查阅数字档案，不需调阅实体档案，所以纸质档案显得不重要了，因而降低了整理标准，该做的工作没有去做，例如应该卸掉的容易生锈的普通订书钉或者其他金属物没有被卸掉，档案上的锈迹随处可见。
        再次，放松了防虫、防尘、防光等档案保护工作。一些档案人员不再象以前那样重视并认真落实档案保护措施，个别单位甚至将原有的防光窗帘也拆除了。
        开展档案数字化工作，提高档案管理现代化水平，无论是单位领导还是具体的档案工作人员，都要有正确的思想认识，必须清醒地认识到：档案实体是根本，是数字化的基础，而数字化是辅助管理档案的一种手段，应在做好实体管理的前提下去进行。热衷于数字化而松懈于档案实体管理，就会本末倒置，后患不浅。
        为了既能高质量地开展档案数字化工作，又能切实做好对档案实体的保护工作，可以采用下面这些办法：
        一是在对档案进行扫描时，尽量使用不需拆卷的扫描设备。这样，可以有效避免对档案实体的破坏。一些因设备原因必须拆卷的档案，不能用刀子来切割纸边，而是用其他没有破坏性的方法来拆解，尤其是要注意保证档案纸张边缘字迹的完整性，切忌出现脱落、缺失等现象。
       二是严格档案整理，使用合格的装订材料和装具，卸掉实体上不利于档案长期保存的物件（如容易生锈的金属物等），提高档案质量。
       三是为了有利于档案的长期保存，经过扫描的档案宜作重新消毒、杀虫、除尘等防护措施后，再进行封存保管。